generell ist es schwierig zu sagen was zu tun ist, wenn man nicht genau weiss was für ein baum du hast... sind die blätter glatt, eher ledrig, oder haben sie gezackte ränder, sind sie behaart...  wie gross sind die blätter?
nun... warum musste der ohne erde 2 stunden ein leiden?  wie auch immer,m es könnte jetzt sein, dass die feinen haarwurzeln vertrocknet sind und dadurch hat der baum jetzt mühe wasser aufzunehmen. zudem musst du jetzt schauen, dass durch das herausnehmen keine hohlräume im wurzelbereich entstanden sind.  was für erde hast du benutzt? sie sollte leicht durchlässig sein...
zum giessen: lasse die erdoberfläche leicht antrocknen und dann giesst du ihn richtig bis wasser aus den löchern am boden der schale austritt... dann lässt du in gut austropfen und stellst ihn wieder an ein helles fenster, nicht gerade über einer heizung.. der baum/ schale sollte auf keinen fall im wasser stehen, das fördert nur noch das wurzelfaulen..

was du eventuell machen könntest ist.. nochmals die wurzeln anschauen und eben die toten würzelchen herausschneiden und den baum dann in gute bonsai-erde einpflanzen.