Das ist eine Frage des Zeitpunkts. Schneidest du sie während des Hauptwachstums, wird die Pflanze grosse Probleme haben und evtl. eingehen. Schneidest du sie nach der Ruhephase, was bei den meisten Bäumchen im zeitigen Frühjahr ist, wenn es wieder losgeht, werden die Seitenwurzeln die Aufgabe der Hauptwurzel übernehmen.
Bei Bonsai wird die Hauptwurzel (oft auch «Pfahlwurzel» genannt) immer gekappt, meist nach ein bis zwei Jahren bei Sämlingen. Nur so kann sich ein schöner, flacher und breiter Wurzelbereich bilden.
Wenn du kaum Seitenwurzeln hast kannst du in Etappen vorgehen: Du schneidest vielleicht zwei Drittel der Wurzel ab und wartest dann ein Jahr, bis genügend Seitenwurzeln da sind, um die Pflanze zu versorgen. Beachte auch, dass Wurzeln und Äste sich entsprechen: Ein starker Wurzelschnitt wird sinnvollerweise mit einem starken Astschnitt verbunden.